Protože uspořádání pilotní kabiny při předešlých expedicích se osvědčilo, zachoval si i Breitling Orbiter 3 stejné prvky. Nové změny se týkaly vybavení. Gondola byla vybavena novými elektronickými navigačními přístroji a družicovými komunikačními systémy.
Satelitní komunikaci zprostředkovaly dva systémy pro přenos dat INMARSAT, které sloužily především ke komunikaci s řídícím střediskem. Toto zařízení umožňuje faxování a určuje přesnou polohu balónu v daném okamžiku. V případě nouzového přistání vysílá v tzv. tísňovém módu do řídícího střediska informaci o poslední poloze balónu.
Systém Mini-M INMARSAT umožňuje hlasovou komunikaci, tedy telefonování přes družici. Dva radarové odpovídače oznamují středisku letového provozu na území, které právě přelétá, polohu, výšku a identifikaci balónu. Široký rozsah komunikačních zařízení zahrnuje dvě VHF rádia pro komunikaci s ostatními letadly, středisky letového provozu a letišti, jedno záložní VHF rádio a dvě HF rádia sloužící ke komunikaci s celým světem.
Tři polohovací systémy GPS, zahrnující jeden záložní, jsou hlavními navigačními přístroji, které informují piloty a řídící centrum v Ženevě o poloze a výšce balónu kdekoli na světě (s přesností na několik metrů).
Kromě toho to je balón Breitling Orbiter 3 vybaven nouzovým rádiomajákem EPIRB (Emergency Position Indicating Radio Beacon) pracujícím na obou frekvencích - letecké tísňové frekvenci 121,5 MHz a námořní frekvenci 406 MHz.