Každý pokus přesně určit letovou trasu Breitling Orbiteru 3 je vzhledem k faktorům počasí nepřesný. Simulace MétéoSuisse založené na reálných údajích ukazovaly, že pro stejný den odletu mohou být načrtnuty dvě různé trasy, jedna o délce 10 a druhá o délce 19 dnů.
Přes tyto dvě možnosti se odhadovalo, že po startu z Chateau d'Oex balón poletí směrem k rovníku, aby zde využil jet stream mezi 30. a 40. severní rovnoběžkou. Poté poletí přes Řecko, Turecko, Írán, Afghánistán, Pákistán, Indii, Čínu a Japonsko. Následuje dlouhý přelet přes Pacifický oceán k pobřeží Severní Ameriky a po přeletu USA a Atlantického oceánu návrat do Evropy.